Den bedste ting at gøre er blot at inkludere de 2 ikke-auto-inkrementerede kolonner i CSV'en og derefter udtrykkeligt indstille ID-kolonnen til NULL i load data infile-sætningen.
Noget som dette:
LOAD DATA INFILE '/tmp/data.csv'
INTO TABLE your_table
FIELDS TERMINATED BY ','
(AField, BField)
SET ID = NULL;