Jeg har set dette problem, når datafilen mangler i databiblioteket, men tabeldefinitionsfilen eksisterer eller omvendt. Hvis du bruger innodb_file_per_table, skal du tjekke databiblioteket for at sikre, at du både har en .frm fil og .ibd-fil for den pågældende tabel. Hvis det er MYISAM, skal der være en .frm , .MYI og en .MYD fil.
Problemet kan normalt løses ved at slette den forældreløse fil manuelt.