PDO er en smule langsommere end mysql_*Men den har stor bærbarhed. PDO giver en enkelt grænseflade på tværs af flere databaser. Det betyder, at du kan bruge flere DB uden at bruge mysql_query til mysql, mssql_query til MS sql osv. Bare brug noget som $db->query("INSERT INTO...") altid. Uanset hvilken DB-driver du bruger.
Så til større eller bærbare projekter er PDO at foretrække. Selv zend framework bruger PDO.