Hvornår skal man bruge MyISAM og InnoDB?

MyISAM:

MyISAM lagringsmotor i MySQL.

Enklere at designe og skabe, og dermed bedre for begyndere. Ingen bekymringer om de udenlandske relationer mellem tabeller.
Hurtigere end InnoDB i det hele taget som et resultat af den enklere struktur og dermed meget mindre omkostninger til serverressourcer. -- For det meste ikke længere sandt.
Fuldtekstindeksering. -- InnoDB har det nu
Særlig god til læsetunge (udvalgte) tabeller. -- For det meste ikke længere sandt.
Diskfodaftryk er 2x-3x mindre end InnoDB's. -- Fra version 5.7 er dette måske den eneste reelle fordel ved MyISAM.

InnoDB:

InnoDB lagringsmotor i MySQL.

Støtte til transaktioner (der giver dig støtte til ACID ejendom).
Låsning på rækkeniveau. At have en mere finkornet låsemekanisme giver dig større samtidighed sammenlignet med for eksempel MyISAM .
Begrænsninger for fremmednøgle. Giver dig mulighed for at lade databasen sikre integriteten af databasens tilstand og relationerne mellem tabeller.
InnoDB er mere modstandsdygtig over for tabelkorruption end MyISAM.
Understøttelse af stor bufferpulje til både data og indekser. MyISAM-nøglebuffer er kun til indekser.
MyISAM er stillestående; alle fremtidige forbedringer vil være i InnoDB. Dette blev gjort helt klart med udrulningen af version 8.0.

MyISAM-begrænsninger:

Ingen fremmednøgler og overlappende sletninger/opdateringer
Ingen transaktionsintegritet (ACID-overholdelse)
Ingen rollback-evner
4.284.867.296 rækkegrænse (2^32) -- Dette er gammel standard . Den konfigurerbare grænse (for mange versioner) har været 2**56 bytes.
Maksimalt 64 indekser pr. tabel

InnoDB-begrænsninger:

Ingen fuldtekstindeksering (under 5.6 mysql-version)
Kan ikke komprimeres til hurtig, skrivebeskyttet (5.5.14 introduceret ROW_FORMAT=COMPRESSED )
Du kan ikke reparere en InnoDB-tabel

For en kort forståelse, læs nedenstående links: