Jeg havde et lignende problem og løste det ved at tjekke de tråde, der kører. For at se de kørende tråde skal du bruge følgende kommando i mysql kommandolinjegrænseflade:
SHOW PROCESSLIST;
Det kan også sendes fra phpMyAdmin, hvis du ikke har adgang til mysql-kommandolinjegrænsefladen.
Dette vil vise en liste over tråde med tilsvarende id'er og udførelsestid, så du kan DRÆBE de tråde, der tager for meget tid at udføre. I phpMyAdmin vil du have en knap til at stoppe tråde ved at bruge KILL, hvis du bruger kommandolinjegrænsefladen skal du bare bruge KILL-kommandoen efterfulgt af tråd-id'et, som i følgende eksempel:
KILL 115;
Dette vil afslutte forbindelsen for den tilsvarende tråd.