Problemet her virker ligetil nok.
---TRANSACTION 7490, ACTIVE 3047 sec
MySQL thread id 189, OS thread handle 0x7f03be9fb700, query id 3840 10.0.2.1 root cleaning up
Trx read view will not see trx with id >= 7491, sees < 7491
---
Tråd 189 (en klientforbindelse) er inaktiv, og som det har været i et stykke tid, men den har ladet en transaktion køre. Dette er sandsynligvis en fejl i koden, der bruger databasen, da det ikke giver mening at lade en kørende transaktion stå i næsten en time.
mysql> KILL 189;
Det burde frigive metadatalåsen... men du skal finde ud af, hvorfor dette sker. Bad Things™ vil ske, hvis en applikation ikke opfører sig bedre end dette.
Desuden... din applikation burde ikke oprette forbindelse som root . Ikke relateret til problemet, men ikke godt, hvis det er hvad det er.