Nye versioner af MySQL WorkBench har mulighed for at ændre specifikke timeouts.
For mig var det under Rediger → Indstillinger → SQL Editor → DBMS-forbindelse læse timeout (i sekunder):600
Ændrede værdien til 6000.
Også umarkerede grænserækker, da det bliver trættende at sætte en grænse hver gang jeg vil søge i hele datasættet.