Jeg var også nødt til at skifte til PyMySQL. Jeg kører pip 1.5.6, Python 2.7.8 og prøvede mysql-connector 2.0.1
Jeg var i stand til at køre forespørgslen inde fra Sequel Pro uden problemer, men min Python-forespørgsel ville mislykkes med den fejl, der er beskrevet i spørgsmålet, efter at have returneret kun en delmængde af resultater.
Skiftede til PyMySQL og tingene fungerer som forventet.
https://github.com/PyMySQL/PyMySQL
I virtualenv:
pip install pymysql
I koden:
import pymysql
connection = pymysql.connect(user='x', passwd='x',
host='x',
database='x')
cursor = connection.cursor()
query = ("MYQUERY")
cursor.execute(query)
for item in cursor:
print item
Absolut en fejl i mysql-connector-python.