Hibernate henter alle JDBC-forbindelser fra en forbindelsesfabrik, og denne forbindelses fabriksindstillinger bestemmer det DB-skema, som alle Hibernate-forespørgsler/opdateringer udsendes mod. Du kan konfigurere din applikation med flere SessionFactory instanser, hver med en forbindelsesfabrik, der peger på et andet databaseskema. Så ved kørsel kan du vælge en passende SessionFactory at arbejde med.
En enklere løsning ville være at køre flere kopier af din webapplikation, en for hver klient.