Jeg fik et klart svar fra Microsoft her http://social.msdn.microsoft.com/Forums/en-US/ssdt/thread/c66c2296-c94e-4f21-993e-7d3090a596a5
Visual Studio Express 2012 til web understøtter ikke de nye SQL Server Data Tools. For at arbejde med et databaseprojekt (konvertering fra det gamle dbproj eller oprettelse af et nyt projekt fra bunden), skal du bruge Visual Studio 2010 Shell. De fejl, jeg fik fra Stored Procedures, blev forårsaget, fordi sql-scripts ikke var korrekt importeret. Den gamle dbproj havde sql-scripts i vilkårlige mapper. Løsningen var at udelukke alle sql-scripts fra det projekt, jeg lige havde konverteret fra et dbproj, og derefter genimportere sql-scripts. Når du gør det, genkender projektet dem og rejser ikke fejl.