Jeg ville stadig bruge SqlBulkCopy for hurtigt at kopiere dine data fra den eksterne fil til en iscenesættelsestabel der har den samme (flade) struktur som filen (du bliver nødt til at oprette den tabel i forvejen)
Når det er indlæst, kan du dele dataene op på tværs af flere tabeller ved hjælp af f.eks. en lagret procedure eller noget - burde være ret hurtig, da alt er på serveren allerede.