Opdater poster, der opfylder en betingelse med stigende antal

Det er en typisk use case for row_number() vinduesfunktion. Forudsat at din hovedtabel er T, burde denne forespørgsel fungere med postgresql 8.4 eller nyere:

update T set local_id=s.rn 
from (select id,row_number() over(order by id) as rn from T where local_site_id=2) s
 where T.id=s.id;