Nå, for hver række i "grupper" laver postgresql en fuld scanning af products_categories, hvilket ikke er godt. Ikke nødvendigvis et konfigurationsproblem, men måske kunne forespørgslen angives uden den slags indlejrede underforespørgsler?
SELECT count(DISTINCT "groups".id) AS count_all
FROM "groups"
WHERE exists(
select 1 from products p where groups.id = p.group_id
join products_categories pc on pc.product_id = p.id
where pc.category_id in (2,3)
) and groups.id <> 3
Gør også products_categories har et indeks på product_id ?