Jeg havde nøjagtig det samme problem med en postgres db og en Django-app, der kører med docker-compose.
Det viser sig, at Dockerfilen til min app brugte et indgangspunkt, hvor følgende kommando blev udført:python manage.py flush som rydder alle data i databasen. Da dette bliver udført, hver gang app-beholderen starter, rydder den alle data. Det havde intet at gøre med docker-compose.