Jeg kan ikke fortælle dig, hvordan dette gøres i Hibernate, men åbning og læsning/skrivning af et stort objekt skal ske inden for den samme databasetransaktion.
Deaktivering af autocommit-tilstand burde gøre det trick, måske har du gjort noget forkert.
Men må jeg foreslå, at du slet ikke bruger store objekter?
Normalt er det meget nemmere at bruge bytea PostgreSQL datatype, som kan indeholde data på op til 1 GB størrelse. Medmindre du gemmer og henter dataene i bidder, giver store objekter ingen fordele, og jeg tvivler på, at du kan udnytte funktionaliteten til store objekter fuldt ud med en ORM alligevel.