Flyway opererer altid i databasen, der bruges i jdbc-forbindelsesstrengen.
Når først tilsluttet, kører alle scripts inden for en transaktion. Da CREATE DATABASE ikke understøttes i transaktioner, vil du ikke være i stand til at opnå det, du ønsker.
Hvad du dog kan gøre, er at oprette et skema i stedet for. Flyway vil endda gøre dette for dig, hvis du peger på en ikke-eksisterende.