Din database er sandsynligvis oprettet med en anden lokalitet.
Tjek \l+ i psql på den gamle og nye version. De vil have forskellige lokalitetsindstillinger.
Andre muligheder er forskellige styresystemer/versioner. PostgreSQL bruger libc's lokalitetsregler, og nogle platforme (især Mac OS X) har lidt af en ... speciel ... libc.
Den 9.1.9 med en en_AU.UTF-8 database, der kører på Fedora 19, får jeg:
regress=> select lower('Æ');
lower
-------
æ
(1 row)