Det må være, fordi du installerer psycopg2 i din python-installation på systemniveau, ikke i din virtualenv.
sudo apt-get install python-psycopg2
vil installere det i din python-installation på systemniveau.
Du kan installere det i din virtualenv ved at
pip install psycopg2
efter aktivering af din virtualenv, eller du kan oprette din virtualenv med --system-site-packages flag, så din virtualenv vil have pakker i din python på systemniveau allerede tilgængelige.
virtualenv --system-site-packages test
hvor test er dit virtualenv.