Din libpq, som bruges af psycopg2 forventer, at Postgres socket er i /var/run/postgresql/ men når du installerer Postgres fra kilden, er det som standard det i /tmp/ .
Tjek, om der er en fil /tmp/.s.PGSQL.5432 i stedet for /var/run/postgresql/.s.PGSQL.5432 . Prøv:
conn=psycopg2.connect(
database="mydb",
user="postgres",
host="/tmp/",
password="123"
)