Du har installeret en JRE og ikke en JDK.
For at kompilere JNI native-kode skal du installere en JDK, som kommer med den passende jni.h-header samt de OS-specifikke headere.
Når du gør det, skal du opdatere din inkludere-sti til
-I <path_to_jdk>/include -I <path_to_jdk>/include/linux