Du kan blot tilføje WHERE klausul til UPDATE . Mere om det i oracle docs.
Så i dit tilfælde skulle det se sådan ud:
...
WHEN MATCHED
THEN
UPDATE
SET tgt.column3= src.column3,
tgt.column4 = src.coulmn4
WHERE tgt.column3 IN (val1, val2)
WHEN NOT MATCHED
...