Efter nogle få timer fandt jeg problemet. Standard hentestørrelsen for OJDBC er 10, så med et stigende antal rækker til at hente, øges tiden meget hurtigt.
Hvad er mærkeligt:dette var min første idé, så jeg prøvede at indstille <property name="eclipselink.jdbc.fetch-size" value="100"/> i persistence.xml . Det virkede ikke, så jeg hoppede til andre løsninger. I dag indstillede jeg det til enkelt forespørgsel af query.setHint("eclipselink.jdbc.fetch-size", 100) og det virker.