Jeg fandt en fungerende løsning på problemet (det fungerede i det mindste for mig med JDev 12.1.2.0, men jeg mener, at det også burde virke på 11.x):
Tilføj følgende linje i jdk.conf (JDEV_HOME/jdeveloper/ide/bin) og genstart JDeveloper:
AddVMOption -Dfile.encoding=UTF-8