Som nævnt i kommentarerne kan du bruge mysqldump på følgende måde.
mysqldump --user=... --password=... --host=... DB_NAME --where=<YOUR CLAUSE> > /path/to/output/file.sql
Hvis du ønsker, at dette skal være i din php-fil, kan du gøre følgende
exec('mysqldump --user=... --password=... --host=... DB_NAME --where=<YOUR CLAUSE> > /path/to/output/file.sql');