du bør ikke bruge phpmyadmin til dette, du skal bruge mysqldump. fra kommandolinjen dens
mysqldump -uMYSQL-USER -h server -pMYSQL-USER database_name > /path-to-export
fra et php-script
$command = "mysqldump -uMYSQL-USER -h server -pMYSQL-USER database_name > /path-to-export/file.sql";
exec($command, $output, $return_var);
dette er nemt at automatisere med et cronjob