Forøg din phps hukommelsesgrænse og scripttid, det er fordi du udfører mysql-instruktionen gennem php-serveren.
Tjek din php.ini-fil for denne vars:
memory_limit
max_execution_time
Men alligevel ville jeg gøre det gennem mysql-klienten (terminal), tjek mysql doc
LOAD DATA LOCAL INFILE '/path/to/your/csv/file/csv_file.csv' INTO TABLE database_name.table_name FIELDS TERMINATED BY ',' ENCLOSED BY '"' LINES TERMINATED BY '\n';
Mysql-dokumentation - Indlæs dataindlægssyntaks PHP-dokumentation - Ini-kerneindstillinger