Efter lidt nærmere undersøgelse fik jeg selv svaret på mit spørgsmål. I stedet for at bruge oid-variabler direkte eller bruge strenge, bør jeg bruge funktionen BCON_OID. Følgende forespørgsel hjælper med at hente det, jeg ønskede:
qry = BCON_NEW("$query", "{", "name", "{", "$in", "[",
BCON_OID(oid1), BCON_OID(oid2), BCON_OID(oid3), "]", "}", "}");