Jeg så ikke noget svar, og jeg havde det samme spørgsmål i dag.
Du kan droppe databasen før med:
use <db>
db.dropDatabase()
Eller du kan kun droppe samlingen med:
db.<collection>.drop()
Problemet med din kommando kan være, at noget mangler, f.eks. databasen, som du godkender mod eller brugeren eller måske en anden ting.
I min opsætning virker dette
mongorestore --username=<user> --db=<database> --authenticationDatabase=<database> --dir=<dumpdir> --drop
Hvis din dump blev zippet på forhånd, kan du tilføje --gzip-flaget til sidst.
Du kan finde alt det i dokumentationen for at slette en database eller i dokumentationen at droppe en hel database. Men vær forsigtig med det.