Det afhænger af, hvilken slags opdateringer du laver. Hvis disse opdateringer vokser dit dokument (array push eller lignende), så ja, du vil have en vis fragmentering. Opdateringer på stedet ($inc) forårsager ikke, at dokumentet flyttes (ingen fragmentering).
Det er i øvrigt ikke fragmentering i sig selv, men derimod noget spildt plads. Det vil sige, at hvis dokumentet flyttes til en ny placering, vil dets gamle placering ikke blive genbrugt.