For det første tror jeg, du kan ændre til dette (fjern det ekstra krav fra http og indstil io til at lytte til serveren):
// Init App
var app = express();
var server = require("http").Server(app);
var io = require("socket.io").listen(server);
Hvis din klient-side kører på en anden port end din server, bør du også ændre din import, synes jeg. Ellers kan det stykke være fint. Jeg tror ikke, du har brug for .connect on io i var socket =io.connect(); Min fungerer i hvert fald uden.
<script src='http://localhost:3000/socket.io/socket.io.js'></script>