Opdatering af et indekseret felt i mongodb forårsager en opdatering af indekset (eller indekser, hvis du har mere end et), der bruger det. Det "genindekserer" ikke. Det burde ikke være så dyrt - faktisk vil du slette den gamle post og indsætte en ny.
Dette dokument har en hel del detaljer om mongodb-indekser:
http://docs.mongodb.org/master/MongoDB-indexes-guide .pdf
BTW, husk på, at der er et særligt felt, _id, som mongodb bruger som sin primære nøgle
Du kan ikke opdatere feltet _id.