Dette burde gøre tricket:
db.lists.update(
{},
{ $pull: {"items": {"_id" :ObjectId("5399e2cc2d7b0349d89d2b44") }},
{ multi: true }})
For hvert dokument i samlingen ({} betyder tom forespørgsel), fjerner den hvert element med det angivne _id (i items array). Uden multi mulighed, vil kun det første fundne dokument blive påvirket