Jeg støder på det samme problem, og efter lidt google og søgning fandt jeg dette indlæghttps://stackoverflow.com /a/43810346/3785901
Jeg prøvede denne kommando nævnt:
mongodump --host HOST:PORT --db SOURCE_DB --username USERNAME --password PASSWORD --archive | mongorestore --host HOST:PORT --nsFrom 'SOURCE_DB.*' --nsTo 'TARGET_DB.*' --username USERNAME --password PASSWORD --archive --drop
og det virker som en charme. Det burde virke i dit tilfælde, held og lykke.