Mongoose forsøger at indstille et ObjectId som standard. Du kan undertrykke dette med følgende:
var categorySchema = mongoose.Schema({
_id: String,
ancestors: [{type: String }],
parent: {type: String}
},{ _id: false });
var Category = mongoose.model( "Category", categorySchema );
Og bemærker, at der kun er ét skema til dit layout.