Hvis du kunne poste et eksempel på to versioner af den samme funktionalitet, som du vil sammenligne, så kunne jeg give dig en bedre forklaring, men da du ikke gav noget eksempel, kan jeg kun tale generelt.
Nogle af forskellene skyldes, at Mongo-skallen udfører alt sekventielt. I Node skal du bruge tilbagekald eller løfter til flowkontrol, hvilket du ikke gør i Mongo-skallen.
Der er også nogle forskelle i, hvordan du får adgang til samlingerne. I Mongo-skallen bruger du normalt db.collectionName .
Også i Mongo-skallen har du nogle ting foruddefineret, som f.eks. funktioner relateret til objekt-id'er.
Og endelig bruger Mongo BSON til data, og i Node bruger du JavaScript-objektliteral (mere som JSON, men mindre streng).
Node bruger V8 plus yderligere funktionalitet, og Mongo shell bruger SpiderMonkey, uden funktionalitet, der er tilgængelig i Node.
Det hele har konsekvenser i subtile forskelle.
For flere detaljer se: