Da underdokumenter dybest set kun er felter i hoveddokumentet, er alle opdateringer til dem også atomare.
MongoDB har transaktioner pr. dokument, og det gælder for hele dokumentet, inklusive dets underdokumenter.
Det skal bemærkes, at ikke kun findAndModify er atomare. Enhver handling på et enkelt dokument, uanset om det er update() eller remove() er atomare.