Stadig ikke 100 % sikker på, hvad du prøver, men dette vil skabe et resultatdokument af længde 1, med forskellige værdier for alle matches af brand_ids.
Så i resultatet vil den gentage alle mærkerne og fjerne dem fra dit brand_ids-array.
couponmodel.aggregate(
{ $match: { "brand_id": { $in: brand_ids } } },
{ $group: { _id: null, brands: { $addToSet: "$brand_id" } } },
function(err, doc) {
doc.brands.forEach(function(brand) {
var idx = array.indexOf(brand);
if (idx > -1) {
brand_ids.splice(idx, 1);
}
});
}
)