Fra og med mongoDB 3.6 kan du bruge variablen REMOVE at ekskludere felter betinget.
I dit særlige tilfælde skal projektstadiet se sådan ud:
aggregate.project({
_id: 1,
last: { $cond: [ { $eq : [ '$_id', 'undo' ] }, '$date', '$$REMOVE' ] },
user: { $cond: [ { $eq : [ '$_id', 'undo' ] }, '$user', '$$REMOVE' ] },
app: { $cond: [ { $eq : [ '$_id', 'undo' ] }, '$app', '$$REMOVE' ] }
});