Jeg kan ikke tale for det i forhold til MongoDB, men i SQL database, nej, det er ikke best practice. Det betyder ikke, at der måske ikke er lejlighedsvis brug, men "bedste praksis", nej.
Gem dem som datoer, hent dem som datoer. Dit bedste bud er at konfigurere din database til at gemme dem som UTC (løst, "GMT"), så dataene er bærbare, og du kan bruge forskellige lokale tider efter behov (f.eks. hvis databasen bruges af geografisk forskelligartede brugere) , og håndtere eventuelle konverteringer fra UTC til lokal tid i applikationslaget (f.eks. via Calendar eller et tredjeparts datobibliotek).
At gemme datoer som tal betyder, at din database er svær at rapportere imod, køre ad-hoc-forespørgsler imod osv. Jeg lavede den fejl én gang, det er ikke en jeg vil gentage uden en virkelig god grund. :-)