Der er ikke noget rent svar på dette, da du laver noget meget tungt, men en løsning er tilgængelig
ulimit er kommando i unix/linux, som gør det muligt at sætte systemgrænser for alle egenskaber.
i dit tilfælde skal du øge max. ingen. af åbne filer tæller eller gør det ubegrænset på en mere sikker side (det anbefales også af MongoDB)
ulimit -n <large value in your case 1000000>
or
sysctl -w fs.file-max=1000000
and
/etc/security/limits.conf or /etc/sysctl.conf:
change
fs.file-max = 1000000