JSON.stringify fjerner normalt ikke tomme objekter, så dette er mongoose-specifikt.
Jeg vil anbefale at prøve .toObject() eller .toJSON()
http://mongoosejs.com/docs/api.html#document_Document-toObject
Denne vil blive kaldt under .stringify, så det er sandsynligvis det, der skærer de tomme objekter ud.http://mongoosejs.com/docs/api.html#document_Document-toJSON
Så prøv dette først:
JSON.stringify(obj.toObject());