Du var faktisk ret tæt på løsningen, alt hvad du behøver for at bruge dette, når du opretter indeks :
partialFilterExpression: { serialNr: {$exists:true} }
Sørg for at have mindst 3.2 version af mongo
Eksempel:
db.col.createIndex({a:1, b:1},{unique:true, partialFilterExpression: { a: {$exists:true} })
db.col.save({a:50, b:27}) //pass
db.col.save({a:50, b:27}) //fails
db.col.save({b:27}) //pass
db.col.save({b:27}) //pass
db.col.save({b:27}) //pass
db.col.save({a:50, b:27}) //fails
db.col.save({a:50}) //pass
db.col.save({a:50}) //fails
PS:Måske kan du lave et lille "hack" og bruge dette:partialFilterExpression: { serialNr: {$exists:true}, serialNr: {$gte:0} }
Jeg prøvede at bruge $ne, men det gav mig en fejl.