Jeg har endelig løst det, du skal bruge en middleware til at opdatere alle data i sessionen, så cookien bliver sendt igen, ligesom denne:
app.use(function(req, res, next) {
req.session._garbage = Date();
req.session.touch();
next();
});
På denne måde vil maxAge opdatere både på cookien og på sessionen ved hver anmodning til appen.