Indlejrede dokumenter kan kun eksistere som elementer i et array. Det er ved design, du kan spørge forfatterne af deres grunde :)
Du vil måske bruge en DBRef :
Person = new Schema
mother: { type: Schema.ObjectId, ref: 'Person' }
father: { type: Schema.ObjectId, ref: 'Person' }
(bemærk, at du ikke behøver add opkald)
Se dokumenterne for populate/DBRef .