Databasenavnene er ikke de samme, det er bare, at en har et ikke-udskrivbart tegn, som mongo shells javascript-grænseflade undertrykker for dig.
I mongo er det op til driveren at sikre, at brugeren ikke er i stand til at sende ikke-standard data til serveren, men det er blevet demonstreret at BSON er bemærkelsesværdig fleksibel med hensyn til, hvad den kan opbevare.
Da du taler om en hel database, ville den nemmeste måde at løse dette problem på være at lukke mongo og fjerne databasefilerne. Du kan finde, hvor disse filer er med db.serverCmdLineOpts() kommando.