Det ser ud til, at MongooseArray#pull
metoden virker kun, hvis dine elementer har _id
egenskaber.
Jeg synes, det er nemmere at bruge direkte opkald til at update
for at undgå denne slags overraskelser:
mongoose.model('organization').update(
{_id: user.organization},
{$pull: {members: {user: user._id}}},
function(err, numAffected) { ... }
);