For hvad det er værd, er min faktiske opsætning dette, indtil jeg finder (eller finder) noget klart bedre:
lib
db
index.js
model.js
...
handler
index.js
whateverMakesSenseForMyParticularWebSite.js
...
router
index.js
model1RestRoutes.js
model2RestRoutes.js
iuRoutes.js
...
config.js (or a folder with multiple files if it makes sense)
server.js (main)
public
css
img
js
test
...
views
...
Så ja, modeller, visninger, men jeg laver separate ruter og faktiske handlers implementering. Afkobling, afhængighedsindsprøjtning hele vejen. Meget mere testbar/hånlig.