Den største forskel er, at dokumentlagre (f.eks. MongoDB og CouchDB) tillader vilkårligt komplekse dokumenter, dvs. underdokumenter i underdokumenter, lister med dokumenter osv., hvorimod kolonnelagre (f.eks. Cassandra og HBase) kun tillader et fast format, f.eks. strenge et- eller to-niveaus ordbøger.
