Der er absolut ingen grund til at rode med startfilerne (hvilket du egentlig ikke bør gøre, medmindre du præcis ved, hvad du laver), eller installer yderligere software til styring af MongoDB.
Jeg vil hellere foreslå at læse MongoDB's omfattende dokumentation af konfigurationsfilen muligheder .
Det eneste du skal gøre er at indstille
auth=true
for ældre konfigurationsfiler eller
security:
authorization: enabled
for YAML-konfigurationsfiler i /etc/mongod.conf