Jeg har tænkt på at bruge disse to sammen i et stykke tid, fordi mine data allerede er i mongodb. Men jeg vil ikke tilføje en DB-top mere af den eksisterende arkitektur, for tilføjelse af neo4j vil kræve flere ressourcer f.eks. hukommelse, diskplads og for ikke at nævne tid investeret i at vedligeholde 2 DB'er.
Et andet problem, som jeg kan komme i tanke om, er, når du sønderdeler dine data med mongodb, så skal du også administrere dine neo4j-data w.r.t. disse nye skår. Skalering i neo4j sker gennem klynger, og det er en del af enterprise-udgaven, som er kommerciel.
Jeg foretog yderligere research og fandt ud af, at OrientDB kan gemme dataene som dokumenter og det er en graf db.
En anden måde er at bygge relationerne i selve MongoDB og skrive din logik oven i det og afsløre denne logik gennem en REST API.